首先是一心开二门。在一般说来，心是一切的本源，但实在来说，在佛教中根本就没有本体、本源，一切都是缘起，没有第一因，也就没有本体这回事儿。但在《大乘起信论》这儿，把心开阐成了二个方面：心真如门、心生灭门。这对中国佛教的影响极大，这彻底是给中国佛教添了一个重要的哲学理念――本体论。于是中国人在讲佛教的时候，都讲本体，有些是不由自主地讲了的。比如说，中国人在讲唯识宗的时候，竟然把阿赖耶当成本体，这就是受《大乘起信论》的观念的影响，唯识中阿赖耶是无常的、缘起的，种子也是生灭的，都不是本体，太虚法师一系都把阿赖耶认成本体，这就是对唯识的错解。心真如门就是说，心是一切现象的本体，它是绝相的、非生灭的、真实如常的，是绝对的本体。而心生灭门则是说，世间的一切生灭现象都是心真如本体的相、用。心真如门和心生灭门，就是说，一心有正反二个方面，也就是真如不变随缘。起信论是说：虽然真如是非生灭的，但因无明之风，而使得生、住、异、灭的森罗万象出现，心真如门显示心绝对、无差别的一面，心生灭门显示心相对、差别、生灭的一面，虽然一切现象随因缘而生灭不停，但真如本体是不变的，或者说，虽然真如恒常，但现象仍然是生灭不已的，生灭不碍真如，真如不碍生灭。按真如缘起论的说法，我们现在所面对的一切都是心的生灭的一面（心生灭门）的作用，而我们能够成佛，是心真如门的作用。真如就是如实的的存在，在《大乘起信论》中，把先天具有的全部佛教功德而又永恒不变的真心叫真如，说它是宇宙的本源，是众生成佛的依据。还把真如说成离言真如、依言真如二种。离言真如是没有相状、没有差别、无可言说等，这是真如的本来面目、本来状态；而依言真如是说真如本无可言说，但为了向人们解释真如，所以勉强用名言来解释。依言真如又有如实空与如实不空之别，如实空是指真如自体，如实不空是指它含藏无量清净功德，因为含藏无量清净功德，所以又叫如来藏。这如来藏就是成佛的根据。真如缘起还有一个很重要的内容就是对阿赖耶的独特阐释：不生灭的真如和生灭的无明和合起来就是阿赖耶。按方立天在《佛教哲学》上的说法，“如来藏为无明妄念刺激、影响，举体动念，成阿赖耶识。”然后由阿赖耶识来统摄、生起一切现象。论上还解释了为什么阿赖耶识能够统摄、生起一切现象，但解释得极其勉强：“此识有二义，能摄一切法，生一切法。”这完全是硬性的规定。接下来说，“云何为二？一者觉义，二者不觉义。”这只是解释了有二义，但没有解释为什么是这二义而不是其他二义，而且这二义很明显是对摄一切法、生一切法的补充而已。在本论的说法中，阿赖耶有不生不灭的如来藏和生灭的妄心两种属性，所以迷与悟、染与净都是阿赖耶识所具有的，阿赖耶识是一切现象缘起的总体，是宇宙万物的根源。觉有本觉、始觉，不觉有根本不觉、枝末不觉，根本不觉是一切妄染境界的本源。我把真如缘起的过程再说一下：真如为因、无明为缘，因缘和合成就了阿赖耶识，同时，（根本）无明又是一切妄染境界之根源，是生灭之因，色、声、香、味、触等妄染境界是缘，因缘和合生起一切现象。根本无明与阿赖耶识不是一个层次，我们可以说，一切现象的生起，根源于阿赖耶识，但更深一层来说，其实是根源于根本无明。也就是说，大乘起信论中间拉出阿赖耶有点儿拉链中的线头的感觉，不是十分的顺畅。另外，它说有心真如门、心生灭门，但在生灭门中还有真如，真如到底该算生灭门还是真如门？真如和生灭的关系如何？等等，这些小尾巴没有交代。真如缘起对中国佛教影响巨大，它把如来藏和阿赖耶分为两截这个观念，很了不得，天台（尤其是宋以后的天台）、华严、净土、禅（神秀一系更突出）等各宗都能找出大乘起信论的影子。