本质上禅与大圆满实无二致，若硬要究其差别由有两处。其一，在开示后学时，禅宗为防人落边见，多用遮的方式间接表达，技巧上有点象中观应成派；而密教为接引更广根器之行人，多以开显的方式明讲，其实禅宗于“第二峰头略露消息”是同样的做法。在这一点上，密教反而“显”，显教反而“密”了。其二，在引后学明自本心时，禅宗稍侧重于六根门头悟取，而密教侧稍重于在深入正定时现量。然而，两者于此均不偏废。只是今在末世，禅门高峻难入。而密教广设方便，不论何人只要自己愿意修，密法之中必可找到适合的次第，故应机广大