3. 前五识与心意识
阿陀那识为依止、为建立故，六识身转，谓眼识耳鼻舌身意识。此中有识，眼及色为缘生眼识，与眼识俱随行，同时、同境、有分别意识转。有识，耳鼻舌身及声香味触为缘，生耳鼻舌身识，与耳鼻舌身识俱随行，同时同境有分别意识转。
广慧！若于尔时一眼识转，即于此时唯有一分别意识与眼识同所行转。若于尔时二三四五诸识身转，即于此时唯有一分别意识与五识身同所行转。广慧！譬如大瀑水流，若有一浪生缘现前唯一浪转；若二若多浪生缘现前有多浪转；然此瀑水自类恒流无断无尽。又如善净镜面，若有一影生缘现前唯一影起；若二若多影生缘现前有多影起。非此镜面转变为影，亦无受用灭尽可得。
如是，广慧！由似瀑流阿陀那识为依止为建立故，若于尔时有一眼识生缘现前，即于此时一眼识转；若于尔时乃至有五识身生缘现前，即于此时五识身转。

流本作：
依彼阿陀那识能生六种识。所谓眼耳鼻舌身意识身。广慧。若一境界现前一识身起。无分别意识即共眼识一时俱生。广慧。若二三四五境界现前五识身起。无分别意识即与五识一时俱生。广慧。譬如流水若一缘起即生一波。若二若三乃至众多因缘俱起即生众波。广慧。而彼流水亦不断绝。复次广慧。譬如无垢清净明镜。若有一像因缘现前即见一像。若有二三众多像现。即能具见众多异像。广慧。而彼明镜为彼种种诸像不异。广慧。如彼流水明镜像等。
依止阿陀那识。住持阿陀那识。若一眼识因缘现前。即一意识共彼眼识同时取境。广慧。若五识身五种因缘一时现前。无分别意识即共五识一时取境。

释：
心是集起，从最初一堆细微极其细微的割裂自他心念开始，在与前五识相互纠缠中积累壮大。《瑜伽师地论》云：“虽眼不坏，色现在前，能生作意，若（作意）不正起，所生眼识必不得生。要眼不坏，色现在前，能生作意，（若作意）正复现起，所生眼识方乃得生，如眼识生，乃至身识应知亦尔”。也是在说前五识的生起必须有意识作意相伴，否则前五识不能生起。需要认识到，眼识与意识的交互作用，并非简单的一次性过程，而是多次反复纠缠的过程。例如从眼见一物，到意识识别出是一只猫来，是一个相当复杂的反复过程。这里面包含了眼识初步的分别，（下）意识依此判断认为“非我”——这已经是很明确的割裂自他了——但不能判定具体对象只能大致了解方位，然后意识要眼睛做出进一步焦距调整；调整时眼识再分别，意识再判断……这样的多次反复加强直到名色支，这时意识能明确判定出识别对象是“一只猫，在某个方位上”——到此，心意识与眼识交互作用完成了自他割裂并将客体与环境割裂的认识过程。类似地例子是自动聚焦镜头，其聚焦过程也是多次反复。如果将此过程过份简单化，认为眼识了别，交给意识进一步加工，如此一次就构成“一只猫”这样的意识分别，则在解释前五识与意识的关系时，会产生很多无法解答的问题。
上述的纠缠过程，就是对上小段中“彼心为色声香味触法增长故”一句更详细具体的描述。
对一般人来说，自己能够省察到的范围大致局限在六识粗分，但深处更细微的心念活动从未停止过。外五根与尘和合显现前五识的时侯，总是有分别意识与之同时运行。注意，经文前面说是分别意识，后面同样地方却说这是阿陀那识，这说明佛在讲《解深密经》的时侯，对分别意识与阿陀那识并不做绝然的区分。隐含的两点是：1、分别意识与阿陀那识并无明确界限，只要身命在，细微的分别意识就不曾断绝；2、阿陀那识、阿赖耶识跟意识都是心念的集聚，差别只在粗细上。在粗分的意识层面，强的念头具有抑制其它念头强度的作用，使弱者更弱，造成同一时刻下心念只有一个的主观感觉。但实际上，极多的细微念头在下意识以及阿陀那、阿赖耶层次上是并行的，如同瀑流。

而在下一段中，经文将阿陀那、阿赖耶置于根尘对立同等的位置上；将阿陀那识、阿赖耶识置于眼识等分别识同等位置；进一步说明阿陀那、阿赖耶，与前五识和意识一样，是一种二元对立。阿陀那识、阿赖耶识是从割裂并了别自他这部分精细功能的角度，对心意识的描述。一切前五识并第六意识活动都伴陪有阿陀那识、阿赖耶识在更底层密集地进行着极其细微的割裂、了别和认识行为，而这种细微的分别行为，不管自己觉察与否，在一期生命中如流水般不断。